O Programa PCI justifica-se pela necessidade de realização de estudos no sentido de preparar a sociedade para enfrentar desafios futuros gerados pelo progresso técnico-científico; pela necessidade de se desenvolverem projetos estratégicos e especiais que não possam ser desenvolvidos por outras instituições; e pelo interesse em se promover o aperfeiçoamento e a qualificação de pesquisadores em todos os níveis, nas áreas de atuação específicas das Unidades de Pesquisa subordinadas, vinculadas e supervisionadas pelo MCTI.